Kriptografija ima zelo dolgo zgodovino. Najstarejši znani primerki kriptografije izvirajo v Starem Egiptu.
Uporabili so metodo zamenjevanja simbolov, torej da so zamenjali simbole (hieroglife) z drugimi simboli (hieroglifi). Primerek so našli v grobnici egipčanskega meščana Khnumhotepa II, zapis naj bi bil star okoli 4000 let. Vendar pa se takrat kriptografija ni uporabljala za skrivanje informacij, ampak kot sprememba jezika.

Zapis v grobnici Khnumhotepa II.

Najzgodnejši znan primer kriptografije, ki se uporablja za zaščito občutljivih informacij, se je zgodil pred približno 3.500 leti, ko je mezopotamski pisar s kriptografijo prikril formulo za lončeno glazuro, ki so jo uporabljali na glinenih ploščah.

Do poznejših antičnih obdobij se je kriptografija pogosto uporabljala za zaščito pomembnih vojaških informacij, namen, ki mu služi še danes. V grški državi Sparta so bila sporočila šifrirana tako, da so bila napisana na pergamentu, položenem nad valj določene velikosti, zaradi česar je bilo sporočilo nerazložljivo, dokler ga prejemnik ni ovil okoli podobnega valja. Prav tako je znano, da so vohuni v starodavni Indiji uporabljali kodirana sporočila že v 2. stoletju pred našim štetjem.

Scytale, špartansko kriptografsko orodje.

Morda so najnaprednejšo kriptografijo v antičnem svetu dosegli Rimljani. Izrazit primer rimske kriptografije, znan kot Cezarjeva šifra, je vključeval premikanje črk šifriranega sporočila za določeno število mest po latinski abecedi. Če pozna sistem in število mest za preusmeritev črk, lahko prejemnik uspešno dešifrira sicer nečitljivo sporočilo.